2.1.1有机肥的生产、使用及有关配套技术滞后 

传统的农家肥积制费工费时，又脏又累，不符合当前省工高效的需求，所以越是在劳动力价值较高的发达地区越是受到农民的抛弃；在贫困地区，虽然劳动力价值较低，农民还愿意从事这类劳动，但由于经营规模小，农民大多缺乏机械装备，运输和使用这些重量和体积巨大的有机肥（包括传统的土杂肥、堆沤肥、沼气肥）存在困难。随着种植业、养养殖业的专业化、规模化进程，一些地方的农民不再饲养畜禽。由于缺乏氮源，实施传统的堆沤积肥难以进行，推广沼气也存在困难。大多数农民缺乏大型田间作业农业机械，秸秆利用技术特别是秸秆直接还田的病虫害防治技术也还存在不足，妨碍了秸秆还田的普及。 绿肥经济价值不高，并需要一定的投入，有的还要占用作物的生长季，在有化肥充分供应的情况下，绿肥面积也就不断减少。 

2.1.2农民使用的土地属农村集体所有，虽然实行了长期承包，但农民大多对长期效用的培养没有多大兴趣，因而对培肥土地的积极性不高。有机肥除具备化肥那种给作物提供养分的功能外，还具备培肥土壤的功能，如果完全不考虑后者，那么对有机肥的投入在经济上很可能还不如化肥合算，这也就是农民重视化肥轻视有机肥的根本原因。 

2.1.3农业废弃物的质量下降，是因为现在的有机肥存在一定的污染风险。如过去农村的生活垃圾几乎不存在什么有害成分，可全部用作土肥。现在科技的发达，生活方式的改变，生活垃圾中的污染物金属、玻璃、塑料等等越来越多，农村又缺乏分类收集的意识与条件，所以现在农业废弃物几乎完全被排除在有机肥之外；又如畜禽粪便，过去可直接使用在作物上，而现在大多饲料喂养牲畜，而配合饲料中配制有抗菌素及铜、砷等化合物，长期施用这种畜禽粪便有机肥，可能会污染土壤。