分解作用

    把土壤中一些难于被作物吸收利用的物质分解转化为能被作物吸收利用的有效养分。解磷细菌将作物不能利用或利用率低的有机态磷和无机态磷酸盐转化为作物可以吸收利用的形态，解钾细菌(硫酸盐细菌)不仅能分解土壤中钾长石和云母等矿物，还能促使土壤中难溶性的磷酸盐转化为作物可以利用的形态

 促生作用

    土壤中施入微生物肥料后，不仅增加了土壤中的养分含量，而且促进了各种维生素、酶及其他育利于作物生长物质的合成，刺激作物的生长，协助作物吸收营养!如放线菌能严生4种激素类物质，可以打破马铃薯块茎的休眠，进各种作物的生根、发芽、分类，增加叶绿素的含量，提高酶的活性，并能使很多作物提前成熟。在力作物生长提供养分的同时，微生物在其发酵生产过程中，以及在土壤内的生命活动中会产生如赤霉素、吲哚乙酸和激动素等植物生长刺激素、细胞分裂素和维生素等生物活性物质，这些物质可刺激作物根系发达，加强吸收矿质营养和水分的能力，增加作物内源激素，从而促进植物生长，调节作物的发育性状。