长期施用化肥会导致土壤物理性质和化学性质变坏，造成土壤板结，通气性和透水性降低，对养分的吸附性降低，从而影响植物对土壤养分的吸收。一般来说，施用有机肥会影响水稻直链淀粉含量及蛋白质含量，从而影响水稻食味。

食味品质是数量性状，遗传机理较为复杂，影响食味品质的因素很多。稻米食味品质主要受稻米中直链淀粉含量和蛋白质含量的影响，过高的蛋白质含量往往使稻米食味变差，这是由于填塞在淀粉颗粒间的蛋白质对淀粉粒的糊化和膨胀起了抑制作用，导致米粒结构紧密，淀粉粒之间的空隙小，吸水速度变慢，吸水量少，因此大米蒸煮时间变长，淀粉不能充分糊化，米饭黏度降低，较松散，硬度大，使口感变差。

黑龙江省水稻食味值与碾磨品质、粒宽、垩白性状和蛋白质含量有负相关的趋势，而与粒长、长宽比、直链淀粉含量和胶稠度有正相关的趋势，并认为北方粳稻将直链淀粉含量控制在17%以下，蛋白质含量降低到7%以下，可能比较容易获得较好的食味品质。