①橘园土壤肥力退化现象普遍。橘园立地条件相对较差，土层不深、耕翻不够，加上果树长期固定在同一位置上、果农长期单一施肥习惯、果实每年带走大量养分，导致橘园土壤供肥能力下降或养分比例失调，橘园钙、镁、硼、锌缺乏与土壤酸化及磷、铜、铁、锰过量，是橘园突出的营养问题。②重化肥、轻有机肥，重大量元素肥、轻中微量元素肥现象普遍。据调查，超过一半的橘园长期不施有机肥，氮、磷、钾肥过量施用，造成果树营养失调与缺素症状多发，引发多种负面效应：土壤板结酸化、成本增加、品质下降，果树肥害现象也时有发生。

微生物菌肥所提供的有益菌能有效改善果树根际土壤环境：施用微生物菌肥后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，土壤透气性得到改善；有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放；土壤中有益微生物的种类和含量增加，改善了土壤中微生物群落的菌落结构，减少病原菌对柑橘的危害。微生物菌肥可以抑制土壤中的真菌和线虫及柑橘根部病虫害，提高植株免疫力和抵抗力，在很大程度上缓解柑橘的黄化及黄龙病。