1.有效期

我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，如果存放时间过长，其菌种的休眠状态就可能被破坏。

2.温度

施用菌肥的佳温度是25～37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果较差。高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用生物菌肥。固氮菌肥适土壤含水量为60%～70%。

3.地点

对含硫量高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果较好。

4.菌数

有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿个/克（颗粒1亿个/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥20 00万个/克。如果达不到这一标准，说明产品质量不达标。

5.施用时期

生物菌肥不是速效肥，因此在作物的营养临界期和需肥高峰期前7～10天施用，效果佳。

6.混合

应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合施用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合施用。另外，还应防止与未腐熟的农家肥混用。

7.用量

对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能很快适应。因此，其取代量应做到一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。