大棚蔬菜种植往往在氮肥和化肥的使用上比大田作物要多得多，这在很大程度上加剧了土壤的盐渍化，加之大棚内温度相对较高，增强了土壤水分的相对蒸发量，使土壤的水分平衡遭到了破坏，再加上大棚中的土壤没有雨水自然地淋洗，导致下层土壤中的肥料和盐分随深层土壤水分蒸发上移，形成土壤表面的此生盐渍化。该问题目前已经成为阻碍我国大棚蔬菜发展的重要障碍。土壤次生盐渍化还会严重影响到植物根系对肥水、营养元素的吸收能力，导致蔬菜作物生长发育受阻、缺素症产生，质量与产量严重下滑，生产者的经济效益收到较大影响。化肥的过度使用还会破坏土壤的酸碱平衡，导致土壤pH值下降，给蔬菜作物带来一定的毒害，提高蔬菜作物的发病率，大棚蔬菜长期连作会导致土壤生态平衡破坏、有毒物质积累、有机质含量下降、病原菌数量剧增、微量元素消耗殆尽、酸碱性失衡等。

使用微生物菌肥，可以使对植物生长有益的微生物种群快速在土壤中生长繁殖，快速成为土壤中的优势菌群，对植物根系分泌的有害物质进行分解，补充益生微生物群的同时还提高了土壤有机物含量及微量元素，使蔬菜植物根系发达、生长旺盛，提高大棚蔬菜的质量与产量。