(1)促进植物生长，增强植物抗病和抗旱的能力  微生物能通过自身的生命活动，制造营养物质和参与植物营养代谢，产生生长激素及拮抗病原微生物生长繁殖的物质。

(2)协助植物吸收营养 菌肥接种于植物种子或根系上，在种子周围及根际土壤中形成—个有益的微生物系统，促进种子的萌发和生长，促进根系生长、增强根系对养分的吸收。

(3)增加土壤肥力  各种固氮菌通过与植物的共生关系．固定空气中的游离态氮，增加土壤的含氮量。许多微生物能产生多糖物质，可与土壤矿物胶体结合在一起，改善土壤的团粒结构，增强土壤保水保肥能力。许多微生物具有分解难溶性养分的能力，使养分有效化。微生物肥料本身不含植物生长的营养成分、通过其生命活动增加土壤的肥力是微生物肥料zui主要的功能。