1 对土壤条件要求相对比较严格施入后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可以发挥作用，见到效果，而且可长期均衡地供给作物营养。

2 适宜施用时间是清晨和傍晚或无雨阴天可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。

3 应避免在高温干旱条件下使用施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。

4 可单独施用，也可以与其他肥料混合施用但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的农家肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸、过碱的肥料混合使用。

5 避免与农药同时使用化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物，不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具盛放微生物肥料。

6 不宜久放拆包后要及时施用，因为包装袋打开后，其它菌可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响使用效果。

7 有效期内使用由于微生物肥料是由活的微生物起决定作用，所以必须在有效期内使用。