菌肥能有效提高土壤中有机质含量，显著提高土壤中碱解氮、速效磷和速效钾的含量，增强土壤基础呼吸强度，有效提高土壤中细菌和放线菌数量，降低真菌数量。

生物菌肥是一类含有活性物质且可以获得特定肥料效应的生物制品，主要以微生物生命活动的产物及其所含的酶类来改善植物根际的营养条件和抑制病原菌，是一种无公害肥料，其主要作用在于增强土壤生物活性、提高植物的抗逆抗病能力，也能提高作物品质。生物菌肥施入土壤后能改善土壤养分结构，同时还有无毒害、无污染、低投入、高产出、高效益等特点，因此可作为一种环境友好肥料应用于作物生产和土壤培肥。若与化肥结合施用，将比单施用化肥的作物产量高，还可以缓解长期使用化肥所引起的土壤板结、土壤养分比例失调、土地质量下降、环境污染等问题