1.提高化肥利用率

随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。化肥是补充元素，但补不了有机物和微生物，但是，植物不能直接吸收化肥，需要有机物和微生物先吃化肥再分解成植物能够吸收的离子状态的元素。现在很多土壤在使用很多年的化肥后，土壤板结情况严重，也就是土壤中的有机物和微生物很少了，这时候还往里面放化肥，由于微生物很少，那么能够分解的化肥就少，化肥的利用率就降低。所以采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。

2.改良土壤

微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物黏液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。

3.绿色食品生产的肥料

生产绿色食品要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质，不造成施用对象产生和积累有害物质，对生态环境无不良影响。微生物肥料完全符合，不但能缓和和减少农产品污染，而且能够改善农产品品质。