生物肥料合理施用的原则是：一，要保证菌肥有足够数量的有效微生物；第二，要创造适合于有益微生物生长的环境条件。
生物肥料必须选用质量合格的，质量低劣、过期的不能施用。菌肥必须保存在低温（适应温度4-10℃）、阴凉、通风、避光处、以免失效。
为尽量减少微生物死亡，施用过程中应避免阳光直射；拌种时加水要适量，使种子完全吸附。拌种后要及时播种、覆土，且不可与农药、化肥混合施用。
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，要配合施用石灰、草木灰等。以加强微生物的活动。
微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
生物肥料中的微生物大多是好气性的。如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
微生物活动需要消耗能量。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。施用生物肥料时必须配合施用有机肥料。
必须供应充足的氮磷钾及微量元素作营养。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
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