1、全面供应作物生长所需养分。化肥养份含量高，肥效快，但持续时间短，养分单一，有机肥正好相反，有机肥与化肥混用可取长补短，满足作物各个生长期对养分的需要。
2、减少养份被固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养份被土壤吸收或固定，降低了养份的有效性。而与农农肥混施后，可以减少化肥与土壤的接触面，减少化肥被土壤固定的几率，提高养份的有效性。
3、保蓄养份，减少流失，改善作物对养份的吸收。化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养份和水份的吸收，增加养份流失的机会。如与有机肥搭配混用，能克服这个弊端，促进作物对养份和水份的吸收。
4、有效调节土壤酸碱度，改良土壤结构。碱性土壤单一施酸性化肥，铵被植物吸收后，剩下的酸根与土壤中氢离子结合生成酸，会导致酸性增强，土壤板结加剧。如与有机肥搭配混用，能提高土壤的缓冲能力，有效地调节酸碱度，使土壤酸性不至增高。
5、增加土壤养份，提高土壤活力。有机肥是微生物生活的能源，化肥是供给微生物生长发育的无机营养。两者混用能促进微生物的活力，进而促进有机肥的分解。土壤微生物的活动还能产生维生素，生物素，烟碱酸等，增加土壤养份，提高土壤活力，促进作物的生长。
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