生物菌肥可代替常规农家有机肥，减少农家肥投入量，减少用户施肥的工时，节省人工成本。同时，更重要的是，减少化肥用量高达30%左右，大量有益活性微生物可以有效解决连续多年使用农家肥，（特别是未充分腐熟的农家肥）所带来的土传病害，重茬病害，对土壤进行生物消毒（减少化学药剂消毒带来的对土壤的高污染），并且对消毒后的土壤进行有效的调理、改良和修复。具体功效可概括为以下几点：

1.活化土壤，改善土壤理化性质，增加土壤团粒结构，消除多年使用化肥所造成的土壤酸化、盐化、沙化、板结；温室大棚连续使用，可使老棚变新棚，延长使用年限。而且还可激活土壤养分，提高肥效。

2.强力生根，促进作物生长。抗死棵、死苗、烂根。生物菌肥能促进作物根系快速生长，根长，根白。刺激不定根扩大，大量增生新根，提高根量一倍以上。

3.抑菌抗菌抗重茬，提高作物抗逆性。有益菌施入土壤后迅速繁殖，铲除因重茬引起的病害，对豆类作物、花生及瓜果类作物因重迎茬而发生的孢囊线虫病，根腐病，根结线虫病，枯萎病及各种作物因重茬、缺乏微量元素而产生的根系衰弱、烂根、植株矮小、枯萎，僵弱苗，豆类及花生作物结荚少、空荚率高等现象有明显的抑制和缓解作用。提高作物抗低温，抗干旱，抗倒伏，抗病虫害能力，防止因低温或缺少微量元素所产生的生理性病害。

4.喧地蓄水保肥，降解药害残留。施用生物菌肥可促进土壤团聚体的大量生成，提高土壤有机质、微量元素及有益微生物的含量，消除土壤板结，提高地温、提高土壤通透性及保肥、保水能力，降解土壤中肥害、药害的残留。

5.提高作物品质，培育绿色食品。可降解肥残、药残，增强瓜果着色度、光亮度，减少畸形，降低总酸，提高含糖量和多维生物含量，提高产品品质，能促使土壤中微量元素的释放，被作物所利用，施用生物菌肥可使农产品中VC、蛋白质含量明显增加，从而改善粮食品质，是生产绿色无公害有机食品的理想生物肥料。

6.安全性强，无毒、无害、无污染，微生物肥料不会对作物产生毒副作用，生物菌在土壤中的增殖代谢过程中能产生赤霉素及其他活性物质等，可自身调节生理生化过程。微生物肥料本身无毒无残留，且能分解残留土壤中的化肥、农药，净化环境。

7.生物菌肥具有很好的增产效果，高达20%～60%，能够很好的活化土壤，增加肥力，通过自身的大量有益微生物的活动，从而来改善土壤的环境，消除因长期施用化肥造成的土壤板结，并且可以刺激根系的生长，使植株生长健壮旺盛茎秆粗壮，叶片肥厚、叶色浓绿。

8.生物菌肥还具有防病、抗病以及防虫的作用。秋季的温度对生物菌肥来说很适宜，因此可以在根部形成大量有益菌群，并分泌植物促生物质和抗生素，抑制了病原微生物生长，减少病害发生。并且能够有效的控制病害的传播，增强抗病的能力。