1）提高蔬菜产量。研究证明，微生物肥料提高蔬菜产量20%～40%，高的可达50%。但长期以来，一些农业科技人员把微生物肥料在生产中的应用效果或者效应同化学肥料的标准作比较，如可替代化肥中多少营养元素，如固氮菌替代多少氮素，    生物磷肥替代多少五氧化二磷，生物钾肥替代多少氧化钾。实际上微生物肥料的作用本质与化学肥料大相径庭，二者不在一个层面上，所以用同一标准衡量它们的效应是不合理的，微生物肥料不是单一的化学元素的效应，而是综合效应。

2）提高蔬菜品质。使用微生物肥料可提高蔬菜的品质，微生物对蔬菜中的蛋白质、糖、维生素等成分的含量都有一定的改善，同时可减少硝酸盐和重金属的积累。

3）刺激蔬菜生长。许多用微生物肥料生产的微生物种类在生长繁殖的过程中产生对植物有益的代谢产物，如赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素、维生素和氨基酸等植物生长调节剂刺激蔬菜生长。

4）提高抗病害作用。利于防病、抗病，有的微生物种类还能产生抗菌素类物质，有的则是由于在植物根区形成优势种群，使病原微生物难以生长繁殖而降低了作物病虫害的发生。