在施加有机肥时，一般是选择在果树秋梢停止生长以后和农田土壤封冻前的时间段内施加，而北方种植的果树一般都是选择在秋季晚期的时间大概在11月之前施加肥料，也可以在来年的春季土壤解冻以后或是果树刚刚开始出现萌芽的时候施加有机肥料。
以种植苹果树为例，需要先在距离苹果树干1 m的东、南、西、北四个方向各挖开直径40 cm施加肥料用的坑，如果是较小的幼树就需要缩短苹果树树干和肥料坑之间的距离，肥料坑挖开的生土和熟土分开堆放，然后把有机肥料和熟土搅拌均匀，最后填上生土。果园在种植时,每年都需要按照以上方法挖开肥料坑，一直挖到可以绕树冠一周时，这样就会很好地改善局部的果园土壤，如果是在秋季施加有机肥料以后果园一定要及时的灌水一次。春季施加肥料以后要铺上地膜提高地面温度防止果树附近生长杂草。
果园施加有机肥料时要根据土壤的实际情况来决定施用量，果园土壤的有机质含量直接影响着果树的发芽、果实生长发育、果实的着色的情况。如果果园土壤色有机质含量较低，就会造成果实减产、品质较差的现象，科学合理地施加有机肥料可极大地改善果园土壤的有机质含量，种植的苹果树每667 m2产2 t时，果园的有机肥料施加量就需要和果园的产量形成1∶1的肥料施用量。
