复合微生物肥料、生物有机肥内含多种功能性微生物，当微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成使土壤变得疏松、绵软，保水保肥能力增强，水、肥、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系的发展，为农作物提供舒适的生长环境。土壤理化形状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促进有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激物质，反过来又刺激微生物生长发育，促进作物生长，最综达到增产增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发病的程度，进而起到增加产量的目的。
盐碱地的共性是有机质含量低，理化性状差，对作物有害的阴阳离子多，土壤肥力低，作物不易出苗。改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和无效蒸发，有明显的抑制反盐效果。施用复合生物肥料和生物有机肥后还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性纳的置换作用，导致脱盐脱碱。在复合微生物肥料和生物有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是施用复合生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，及时施入，避免过量。在有条件的地方，可以采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
