鸡粪中的主要成分是有机质，施用鸡粪有机肥可明显提高土壤中的有机质含量。有机质可以改良土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。施用鸡粪有机肥对于改良土壤的作用。施用鸡粪有机肥既增加了许多有机胶体，同时还可借助微生物的作用把许多有机物分解转化成有机胶体，增加了土壤吸附缓冲性能，使土壤颗粒胶结起来变成稳定的团粒结构，提高了土壤保水、保肥和透气的性能，以及土壤自身调节土壤温度的能力。但也不能偏面的认为鸡粪有机肥施用越多越好。过量施用鸡粪有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，其表现为作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重的作物逐渐萎缩而枯死。主要原因是过量施用鸡粪有机肥造成土壤中缺水、养分供应不平衡，使土壤中盐分聚积，硝酸盐含量超标，从而使作物发生肥害。

鸡粪未经腐熟而直接施用到作物上，存在很大的害处及隐患：直接施在土壤中，在合适条件下发酵并产生大量的热量，烧毁作物根系，同时鸡粪本身带有大量病菌，给作物带来病害隐患。经过发酵后，一是均衡了有机肥中的酸碱性，减少了硝酸盐含量，补充了水分，有利与自然界土壤中微生物菌的组合应用;二是发酵后能杀灭原粪肥中寄生虫卵、有害生物病菌等，防止鸡粪直接给作物和土壤带来的病菌与危害。

鸡粪有机肥一般作底肥，地表撒施手随耕翻深施入土，避免地表撒施现象，减少肥料的损失浪费和环境污染。

生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机物的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对作物造成伤害。鸡粪有机肥料与生物菌肥的结合应用，能使土壤具有较好的固氮、解磷、解钾的功能，起到改良土壤，提高肥料利用率和节本、增产、增收的效果。

一般情况下，每亩每季菜地的控制量为鸡粪有机肥1500—2000千克。果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，可取其上限；而绿叶菜类作物需肥量相对较小，可取其下限。