微生物有机肥是将有益微生物与有机肥混合在一起制成的复合微生物肥料，其中既有接种的有益微生物，又含有作为促进微生物活动的有机肥基质。由于此类微生物肥料含有有机肥基质。

  微生物肥料在环境中存在有机物提供能源的前提下，才能使无机的矿质营养转化为有机营养，从而提高土壤的缓冲能力和植物营养的多样化。无机元素转化为有益植物生长的小分子有机化合物，改善了土壤氧化还原条件，使化肥的无机肥力更加有效地发挥作用，克服了土壤中局部地区高含量化肥对作物的伤害，避免不必要的流失。因此，微生物肥料的肥效是综合效应，除了固氮、解钾、溶磷所提供的一定量植物营养元素的增量外，还通过微生物活动对矿质营养转化表现出保氮、保钾等功能，体现对植物营养元素的有效供应量和供应总量的提高。