微生物肥料不能代替化肥，它与化肥是互补的关系。化肥的高渗透比和复合肥加工过程，造成微生物的大量死亡和高额的成本，都使化肥和微生物肥料不可能复合。使用微生物肥料可以减少化肥用量、增加农产品产量、改善农产品品质，是其主要的经济效益；改善土壤结构、保护生态环境是微生物肥料社会效益的表现。

 有机肥具有养分齐全、肥效持久的优点，但也有其明显的缺点。化肥养分浓度高，吸收快，但成分较单一或不齐全，改土效果较差。两者配合施用，则可优势互补，发挥用地与养地的双重作用，既提高土壤生产力获得增产，又保持地力更新。有机、无机肥配合施用，既能减少化肥的养分流失，又能减轻土壤对化肥中某些营养元素的固定，提高化肥利用率，从而从总体上提高养分的供给率。由于有机肥具有较大的阳离子交换量，因而能够对化肥中一些易淋失的养分有效地吸附和保存。有机肥分解产少的有机酸能提高钙镁磷肥中迟效磷的有效性，从而提高了化肥肥效。