鸡粪未经腐熟而直接施用到作物上，存在很大的害处及隐患：直接施在土壤中，在合适条件下发酵并产生大量的热量，烧毁作物根系，同时鸡粪本身带有大量病菌，给作物带来病害隐患。经过发酵后，一是均衡了有机肥中的酸碱性，减少了硝酸盐含量，补充了水分，有利与自然界土壤中微生物菌的组合应用;二是发酵后能杀灭原粪肥中寄生虫卵、有害生物病菌等，防止鸡粪直接给作物和土壤带来的病菌与危害。
鸡粪有机肥虽含有丰富的有机质和作物需要的各种养分，但营养元素含量较低，难以满足作物对大中营养元素的需要，因此与化肥相配合，才能均衡提供作物营养成分，保证农作物产品。一般可将40—60%的氮肥、全部磷肥和80%的钾肥与鸡粪有机肥一起作底肥施用。
鸡粪有机肥一般作底肥，地表撒施手随耕翻深施入土，避免地表撒施现象，减少肥料的损失浪费和环境污染。
生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机物的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对作物造成伤害。鸡粪有机肥料与生物菌肥的结合应用，能使土壤具有较好的固氮、解磷、解钾的功能，起到改良 土壤，提高肥料利用率和节本、增产、增收的效果。一般在基施鸡粪有机肥时，可每亩地配合施入生物菌剂2—5千克；作追施时，可每亩每次配合施入生物菌剂2—3千克，并可配合加入微量元素肥料。
一般情况下，每亩每季菜地的控制量为鸡粪有机肥1500—2000千克。果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，可取其上限；而绿叶菜类作物需肥量相对较小，可取其下限。
