EM菌肥和用EM菌制作的生物有机肥配合施用，能明显改良土壤物理和化学性状，主要包括：

1、调节土壤酸碱性。酸碱性是土壤的重要化学性质，对土壤微生物活性、矿物质和有机质分解、养分元素释放与迁移起着重要作用，土壤酸性强或碱性强都会对作物生长产生不利影响。

 2、土壤容重降低、总孔隙度增加，通透性和蓄水保墒能力增强。土壤容重是衡量土壤疏松度的指标。在长期大量使用化肥的情况下，土壤容重不断增大，总孔隙度越来越小，土壤板结，严重影响蓄水保墒能力和作物根系生长。

3、提高土壤有机质含量　有机质是土壤重要组成部分，是土壤的“肌肉”。土壤有机质是土壤肥沃程度的重要指标。

4、提高土壤养分总量和养分有效性　长期施用EM生物有机肥，能明显提高土壤保水保肥能力，有利于土壤养分转化和累积，土壤氮、磷、钾养分总含量一般比施用化肥的提高10%～20%；土壤有效养分也比施用化肥的高。