蜜桔园土壤是蜜桔植株赖于生存的介质，土壤有机质、氮、磷和钾等因子是土壤肥力的重要保障，是土壤微生物的能源和主要营养元素，能够驱动土壤中碳、氮、磷和钾等养分的转化和循环，影响土壤的性质及养分供应能力，直接影响蜜桔植株的生长发育和吸收功能。一方面，由于日趋严重的酸雨作用，蜜桔园的土壤存在酸化的现象，导致蜜桔园土壤养分的流失，蜜桔植株的生长发育受到很大的影响，并且严重地影响南丰蜜桔的品质和产量。另一方面，蜜桔园长期的施肥(N、P肥的长期施用)，导致蜜桔园及其周边环境的土壤产生富营养化的作用，对土壤的理化性质产生影响，打破土壤生态环境的稳定性。

生物有机肥中蕴含大量植物有机质对土壤缺乏有机质起到补充作用。基质中添加微生物菌剂后，一些有益微生物可改善基质物理性状，提高基质酶活性，增加微生物数量和腐殖质含量，从而提高基质肥力水平。微生物菌剂能够诱导或激活有益微生物在植物根际能力提高土壤肥力，通过土壤改良来提高蜜桔的产量和质量。