1　改善根际矿质元素有效性，促进养分吸收

微生物菌剂形成的菌根能够提高植物对根际矿质元素的吸收，改善植物的营养状况，促进作物生长。基质中添加微生物菌剂后，一些有益微生物可改善基质物理性状，提高基质酶活性，增加微生物数量和腐殖质含量，从而提高基质肥力水平。

2　调节根际次生代谢物质产生，促进植株生长

微生物菌剂作用于植物可以产生一些生长调节物质，保证植物正常的生长发育。此外，一些有益根际微生物的大量繁殖，还能产生有益于作物生长的次生代谢产物，均能使植物根际周围有机物质含量增加，从而不同程度地调节植物生长，增加作物产量，并提高产品品质。

3　提高根际微生物定殖能力，增强对病虫害抗性

微生物菌剂能够诱导或激活有益微生物在植物根际或植物体内定殖的能力，抑制植物病原菌和根际有害微生物及促进植物生长，从而增加作物产量。具体因素：一是营养与位点竞争，微生物菌剂通过诱导根际有益微生物的快速定殖和大量繁殖，占据较多营养和侵染位点，降低有害病原菌的定殖入侵；二是拮抗作用，即微生物能够产生一种或者多种拮抗物质来抑制病原菌的生长或者直接杀死病原菌的作用；三是诱导系统抗性，微生物菌剂可通过诱导植物对细菌、真菌和病毒引起的病害乃至对昆虫和线虫为害的系统抗性，从而提高植物整体的抗病能力。