生物有机肥按所含微生物种类和功能不同大致分为：(1)单一功能生物有机肥。主要包括：根瘤菌肥、固氮菌肥、溶磷菌肥、解钾菌肥、硅酸盐细菌肥等，将其应用在农业生产中可获得特定的肥料效应，提高土壤供肥能力。例如，固氮菌肥能够将空气中呈分子态的氮转化成可供作物吸收利用的铵态氮；溶磷、解钾菌肥能将土壤中含磷、钾的难溶性化合物转化成有效磷、速效钾直接被作物吸收利用。(2)具有抗病作用的生物有机肥。此类生物有机肥是在功能性微生物菌剂，如解钾菌、溶磷菌和固氮菌的基础上再次加入生防菌发酵或与其结合使用研制而成。所含生防菌剂通过占据植株根部空间位置或拮抗作用抑制植物根际病原菌繁殖，因此具有提高植株抗性，减轻病害发生的特点。(3)多功能生物有机肥，即添加两种或两种以上的功能性微生物所制得的生物有机肥料。与单一功能生物有机肥相比，具有功能更全面的特点。

生物有机肥综合了有机肥和微生物肥料的优点，它既有有机肥肥效长久、营养全面、有机质丰富的特点，又含有功能性有益微生物，在改善土壤理化性质，调控土壤微生物群落结构,提高土壤更新或恢复能力,减少土传病害等方面发挥了重要作用。