木瓜产区由于气候温暖，雨量充沛，土壤有机质容易分解，保肥力较低，所以，在木瓜施肥上要十分重视有机肥料与无机肥料的配合施用。首先，要施足有机肥料，因为有机肥料元素含量丰富、全面，施后能够和缓的、不间断的释放各种元素，满足木瓜花期长、花果重叠的续费特性，而且还可以改良土壤团粒结构、改善土壤透气条件，促进根群的生长发育。实践经验表明，对缺乏有机质的土壤施用化肥的增产效果不是很大，但有机肥和无机肥配合施用，则可以获得大幅度增产。其次，要重视氮肥与磷、钾等肥料的配合施用。

增施氮肥能有效地提高木瓜的产量，在某些施肥水平较低的地区施用，效果更为明显。但氮肥增施到一定的水平之后，其增产效应就会明显下降，这是由于各种元素的平衡被打破的缘故，所以，在施用氮肥过程中，必须相应的增施其他元素，特别是磷钾肥的施用量。氮磷钾等的配合施用，不仅可以提高肥料的增产效应，还可以获得较好的果实品质和风味。在单施氮肥的情况下，果实的含糖量会随施氮量的增加而下降，如果配合增施钾肥则果实的品质和风味都会有所改善。因此，施用花生麸、草木灰等含磷钾的肥料，木瓜果实的总含糖量和微生物丙都比较高，过时的品质比较好。关于氮磷钾肥料用量的比例，根据不同生育期对器官分析的结果来看，营养生长期的比例以5：6:5，开花结实期的比例以4:8:8为宜。