1、菌肥单施，忽视了与肥料混用。

有些种植户认为，菌肥不能与化学肥料混用，混用后高浓度的化学物质会杀灭菌肥中的活性菌，因而菌肥就失去了其意义，这个问题其实不用担心。

菌肥中微生物活力强大，除了不宜与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用外，与其它化肥混用还有不少好处。与菌肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被菌肥吸收保蓄，减少养分流失。

而且，单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。同时，因为化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症，而微生物菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性状和微生态区系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。
2、加大菌肥用量，忽视氮、磷、钾的添加。

这是因为氮、磷、钾是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些元素并不是太多，生物菌肥的作用是解磷解钾，帮助作物更好的吸收那些被大量浪废的氮磷钾等元素（请注意：化肥的利用率只有30%左右，而70%左右的氮磷钾都白白浪废了，菌肥中微生物的重要作用就是将这被浪废的氮磷钾重新利用，为用户省钱）。

    微生物菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，也不会出现烧根烧苗现象。

使用生物菌肥对于农作物的增产增收、培肥地力、增强抗逆、早熟高产、降本增效有相当明显的效果的，是农民朋友致富的好帮手，所以科学、正确、合理使用微生物菌肥定能助您丰收高产。！