扁桃和其他果树一样，为了保持正常的生长发育，必须不断的从土壤中吸取各种养分。又因为它是多年生果树，一旦定植，就要固定在一处完成一生。因此，及时补充适量的养分，才能满足树体生长发育的需要，才能得到丰产、优质的回报。正确掌握施肥时间是科学施肥的一个重要方面，而合适的施肥时期应根据肥料的种类和性质、扁桃幼树的发育特点及其需肥程度等而定。
 
基肥又称底肥，能够在较长时间内供给树体生长发育（特别是旺盛生长时期）所需要的养分，并具有全面改良土壤性质的作用。基肥以持效性有机肥为主，如厩肥、堆肥等。基肥的实际用量为全年施肥总量的60%-70%。
研究表明，基肥以9月初施用效果较好。因为这时扁桃根系处于第2次生长高峰期，根的吸收能力强，秋施基肥能有充足的时间使肥料腐熟，并可供扁桃树在休眠前吸收利用。秋施基肥翻动土壤时会将根系切断，其相当于根系的修剪，可促进根系的生长，增加树体的营养储备，有利于花芽充实，增强抗寒越冬能力，而且对翌年的开花、坐果也有良好作用。
追肥作为基肥的一种补充，在树体生长期进行。以追施速效性肥料为主，如硫酸铵、尿素、碳酸氢铵或复合肥等。追肥时间根据扁桃各生长发育阶段的需要而定，一般可分3次追肥。分别为花前肥、稳果肥和壮果肥。
目前生产上常用的施肥方法有环状沟施肥、条状沟施肥、放射沟施肥等方法。
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