水果玉米在不同生育期对养分的需求也不一样，苗期由于植株小，生长慢，对养分吸收量小，水果玉米苗期需肥占全生育期肥量的20%；拔节孕穗到抽穗开花期期，水果玉米生长速度迅速加快，营养生长与生殖生长齐头并进，吸收占全生育期的80%。开花授粉以后，吸收量下降，此阶段占总需肥量的13%。
水果玉米基肥以有机肥为主，化肥为辅，基肥中要重视磷钾肥。施用种肥可以壮苗；若土壤肥力低，基肥不够或者没用基肥的方法，施用种肥效果明显，使用时采取条施或者穴施，注意要与种子隔开或者与土混合，防止烧苗。氮、磷、钾合理施肥是保证水果玉米产量的前提。
水果玉米在碳酸盐黑钙土或碳酸盐草甸土上种植时，在土壤有效锌低于0.00005∽0.0001%时应施用硫酸锌。 水果玉米的施肥，应根据需肥量、土壤养分供给量、肥料利用率以及计划产量等指标来确定。一般每公顷施优质有机肥肥3-4万公斤，磷酸二铵150-200公斤，尿素150-225公斤，硫酸钾50-75公斤，硫酸锌7.5-15公斤。其中尿素的30%做底肥，70%在玉米6-7叶期追肥。
早施苗肥，水果玉米区尽量抢墒直播，一般情况不施基肥，所以要早施苗肥。②、适施穗肥，穗肥多在大喇叭口期追肥。不论地块肥力如何，水果玉米的田块穗肥的增产效果显著。追肥要深施，深施肥效长且稳定，促进根系深扎，扩大吸收面积，利于增产。
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