施用未完全腐熟的鸡粪：个别菜农认为鸡粪越臭效果越好，实际上这是误解，完全腐熟的鸡粪几乎没有恶臭味。将未完全腐熟的鸡粪施到地里，鸡粪经过二次发酵，极易产生氨害。当大棚内空气中氨气的浓度达到3毫克/升时，可使辣椒受害；当氨气的浓度达到35毫克/升时，可发生烂根、烧苗现象。由于鸡饲料中的添加剂含激素成分很高，应该通过堆制进行脱激素处理。同时，鸡粪尿中带有蛔虫卵，需要堆置40天左右将其杀灭。

重施化肥，轻施有机肥：有些菜农每亩用无机肥多达200千克以上，磷酸二铵也在200千克以上。由于过量施用化学肥料，造成土壤板结，盐分浓度过高，影响辣椒产量。

重施磷肥，轻施有机肥，忽视配方施肥：由于化肥大幅涨价，有些菜民为降低成本，大量选用过磷酸钙和钙镁磷肥，想通过底肥用磷肥、后期追氮肥的办法提高辣椒产量，这种做法是错误的。实际上单用磷肥，作物利用率低，因为氮磷钾三严肃只有按适当的比例配合使用，才能保证辣椒的正常生长。

重施基肥，忽视叶面肥和微量元素肥料的施用：由于大棚辣椒生产一般是多年连作，菜农只重视大量营养元素肥料的投入，而忽视中、微量元素的补充，钙、硼、硫、铁、锰、锌等中、微量元素对提高辣椒产量和品质十分重要。当辣椒缺铁时，根系不发达，生长点停止生长，叶缘上卷，叶片不伸展；当辣椒缺镁时，芽生长停止，叶面发黄、发白，叶缘坏死失绿；当辣椒缺锌时，嫩叶生长不正常，芽呈丛生状。这些症状都可以通过页面追肥得到缓解。

忽视菌肥的施用：不少人认为菌肥施用量少，不会起到什么作用，很少施用菌肥，这是一种误解。生产中施用菌肥能够起到调节土壤结构、消除土壤板结和部分害虫、改善辣椒品质的作用。因此，大棚辣椒生产建议施用菌肥。