植物干物质含钙一般豆科植物、甜菜、甘蓝等需钙较多，而禾谷类作物、马铃薯等需钙较少。作物各器官含钙量不一，一般地上部较多，根部较少，茎叶较多，果实、籽粒较少。在细胞中，钙富集于细胞壁、淀粉体和核仁里。

植物中绝大部分钙作为构成细胞壁的果胶质的结构成分。它与果胶酸结合形成果胶酸钙呗固定，存在于相邻两个细胞壁之间，即中胶层处，可以增强细胞之间的粘结作用，把细胞壁连接起来。钙又是细胞分裂所必需的成分，在细胞核分裂后，分隔两个子细胞的细胞板就是中胶层的初期形式，它是由果胶酸钙组成的。在缺钙条件下，细胞板完全不能形成，子细胞也无法分隔成两个，于是就会出现双核细胞的现象。例如洋葱根尖分神组织在缺钙时就出现双核细胞，这样由于细胞不能分裂，生长点就会死亡。

钙能稳定生物膜结构，它和作为膜组成成分的磷脂分子形成钙盐，在维持膜的结构和功能上起重要作用。在缺钙时，大麦幼苗生长点和根细胞中原生质膜等膜系统变成片断状，只是根中养分大量外渗。钙能结合在调钙蛋白上形成复合物。该复合物能活化动植物细胞中许多酶，对细胞的代谢调节起重要作用。

缺钙时，植株生长受阻，节间较短，因而一般较正常的矮小，而且组织柔软。缺钙植株顶芽、侧芽、根尖等分生组织容易腐烂死亡，幼叶卷曲畸形，多缺刻状，或从叶缘开始变黄坏死。果实生长发育不良。如甘蓝、白菜和莴苣等会出现叶焦病，或称缘腐病（因缺钙导致硝酸在嫩叶叶片内积累，使生长点萎缩，嫩叶边缘呈烧灼状）。番茄、辣椒、西瓜等缺钙易发生脐腐病，又称顶腐病，在果实顶部产生圆形的病状，多在幼果期开始发生，以后继续扩展。苹果易患苦痘病，又称苦陷病，先在果皮下呈现褐斑，以后斑点在果皮上露出，果实上病部微凹，味苦；或患水心病，病状出现于果心，呈水渍半透明状，味清甜，山梨糖醇增加，易腐烂。在豆科作物中，大粒种子如蚕豆、花生对缺钙较敏感，使胚珠败育、种子发育不良，致使空粒或秕粒增加。